Με Κ.Υ.Α. των Υπουργών Οικονομίας και Οικονομικών και Πολιτισμού συγκροτείται και λειτουργεί στη Γ.Γ.Α. είκοσι δυο (22) μελές Ελεγκτικό Συμβούλιο με διετή θητεία. Στη σύνθεση του οργάνου μετέχουν δεκαέξι (16) μόνιμοι υπάλληλοι της Γ.Γ.Α. συμπληρουμένης της συνθέσεως από μονίμους υπαλλήλους του Υπουργείου Οικονομίας και Οικονομικών.
Ο εσωτερικός κανονισμός λειτουργείας και ο τρόπος διενέργειας των ελέγχων του Ελεγκτικού Συμβουλίου του άρθρου 52 Ν.2725/99, όπως τροποποιήθηκε με το άρθρο 2Ν.2858/00 και το άρθρο 77 του Ν.3057/2002, καθορίζεται με την αριθμ. πρωτ.10942/11-4-2003 (ΦΕΚ437/11-4-2003) απόφαση του Υφυπουργού Πολιτισμού.
Έργο του Ελεγκτικού Συμβουλίου είναι κυρίως:
α)η διενέργεια λογιστικού και διαχειριστικού ελέγχου, καθώς και ελέγχου κάθε άλλου στοιχείου που αποτελεί αντικείμενο του νόμου ή των καταστατικών των αθλητικών σωματείων ,των ενώσεων και των ομοσπονδιών, καθώς και των άλλων επιχορηγούμενων φορέων.
β)η διαπίστωση της τήρησης από τα σωματεία , τις ενώσεις και τις ομοσπονδίες των διατάξεων των νόμων ,των διαταγμάτων,των υπουργικών αποφάσεων, των κανονισμών που αφορούν,διαχειριστικούς και λογιστικούς κανόνες,οι οποίοι επιβάλλονται από το νόμο και από άλλες διατάξεις,
γ)η γνωμοδότηση για περικοπή της επιχορήγησης , εφόσον διαπιστώνονται σοβαρές παραβάσεις.
Ο έλεγχος διενεργείται τακτικά, μια φορά το χρόνο και έκτακτα,οποτεδήποτε , με εντολή του Υπουργού Πολιτισμού.
